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导读

尿路感染是临床上仅次于呼吸道感染的第二大感染性疾病，具有显著的各年龄阶段发病特征，从新生儿期至老年期均可发病。抗菌药物是治疗尿路感染最常见且最有效的方法。近年来，随着碳青霉烯类抗生素的过度使用，耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌（carbapenem-resistant Enterobacterales, CRE）引发的尿路感染，使临床治疗面临抗菌药物选择受限、疗程延长及医疗成本增加等一系列挑战。中国细菌耐药监测网（CHINET）数据显示，CRE菌株的检出率逐年攀升，其中尿路感染来源的CRE分离株检出率位列第三，凸显了其严峻的流行病学负担。研究表明，不同地区的CRE菌种类型、耐药性及耐药基因特征存在显著差异。因此，深入探究尿路感染CRE的耐药机制及分子流行病学特征，对于制定本地区精准的CRE感染诊疗策略至关重要。

全基因组测序（whole-genome sequencing, WGS）技术能够获取全面的基因组信息，有助于识别微生物的种群结构、遗传多样性以及特定功能基因（如耐药基因），并能够追溯菌株间的进化与克隆关系。随着测序技术的不断进步，其成本也显著降低，测序技术逐渐成为一种经济且实用的微生物学研究工具。本研究旨在利用WGS技术，系统分析尿路感染中CRE的耐药基因谱、质粒特征及克隆传播模式，为尿路CRE感染的防控与治疗提供科学依据。

基于全基因组测序的尿路感染耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌耐药机制及分子特征研究

作者：冯小倩^1,2，万娟^1,2，李小菊³，郝洋洋¹，刘蓬¹，陶智博¹，郭泳芩¹，刘洋¹，魏丹丹¹

单位：1. 南昌大学第一附属医院检验中心； 2. 南昌大学公共卫生学院； 3. 樟树市人民医院

摘要

目的 分析尿液来源的耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌（CRE）的耐药机制及分子流行病学特征，为尿路CRE感染的防控与治疗提供科学依据。

方法 收集2021—2024年南昌大学第一附属医院尿标本分离的97株CRE菌株，使用VITEK 2 Compact全自动微生物鉴定及药敏分析系统进行药敏分析。采用全基因组测序技术分析其耐药基因、质粒类型及分子流行病学特征。

结果 纳入测序的97株CRE以肺炎克雷伯菌（75株，77.32%）为主，其次为大肠埃希菌（9株，9.28%）和阴沟肠杆菌（9株，9.28%）；菌株主要来自康复医学科（37株，38.15%）。药敏试验显示，CRE对大多数常用抗菌药物的耐药率＞90%。92.78%（90/97）的CRE菌株携带碳青霉烯酶基因，仅检出bla_KPC和bla_NDM两种基因型，且以bla_KPC-2和bla_NDM-5亚型为主。CRE携带的质粒类型呈现高度多样性，质粒复制子数量为1~11个，94.85%的菌株携带3种及以上质粒复制子，以IncFII、IncR和IncHI1B最为常见；多位点序列分型（MLST）结果显示，ST11-KL64型和ST11-KL25型是CRKP的主要优势克隆，而耐碳青霉烯类大肠埃希菌和耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌呈现明显的克隆多样性。

结论 该地区导致尿路感染的CRE耐药形势严峻，主要携带bla_KPC-2和bla_NDM-5型基因，且质粒类型呈现高度多样性。此外，ST11-KL64型和ST11-KL25型是CRKP菌的主要优势克隆，而其他CRE则表现出显著的克隆多样性，应加强监测与防控。

引文格式

冯小倩,万娟,李小菊,等.基于全基因组测序的尿路感染耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌耐药机制及分子特征研究[J]. 中国感染控制杂志,2026,25(7):945-953. DOI:10.12138/j. issn.1671-9638.20263370.
FENG Xiaoqian, WAN Juan, LI Xiaoju, et al. Resistance mechanisms and molecular characteristics of carbapenem-resistant Enterobacterales in urinary tract infection: a study based on whole-genome sequencing[J]. Chin J Infect Control, 2026,25(7):945-953. DOI:10.12138/j. issn.1671-9638.20263370.

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