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【Nat Cancer】急性髓系白血病综合蛋白质基因组学和代谢组学分析,确定分子亚型和相关治疗靶点

来源 2026-06-23 20:27:31 疾病防控

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急性髓系白血病(AML)是一种遗传和表型高度异质性的血液恶性肿瘤,5年生存率仅约30%,复发率高。尽管已有基于细胞遗传学和突变的分类系统(如ELN、WHO),但单一分类无法完全捕捉AML的临床异质性。目前缺乏能够整合基因组、蛋白质组、翻译后修饰(PTM)、代谢组和脂质组学的统一多组学分类框架,且遗传驱动因素如何影响蛋白质翻译后修饰和代谢状态尚不清楚。

学者通过13种组学模态分析173例初治AML患者,旨在构建多组学图谱,识别分子亚型、基因型-表型关联、生物标志物和病理机制,为精准治疗提供依据。

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研究方法

样本:173 例初治 AML 患者(中位年龄60岁,范围18-87岁),涵盖主要WHO亚型

组学数据:基因组学、甲基化组、转录组、蛋白质组、磷酸化组、乙酰化组、糖基化组、代谢组、脂质组(共13种模态)

分析方法:

相似性网络融合进行蛋白质组学分型(AML-8)

独立成分分析分析代谢组数据

MOFA 多组学因子分析

FunMap 构建共功能网络

XGBoost 分类器预测亚型

CRISPR 依赖性和药物响应数据整合识别治疗靶点

研究结果

蛋白质组学分型:AML-8 亚型

通过整合转录组学和蛋白质组学数据,识别出8个蛋白中心亚型:

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关键分子发现

(1)MYC与mTOR的拮抗作用

原始型AML:高MYC活性,低mTOR信号,依赖氧化磷酸化(OXPHOS)

已分化型AML:高mTOR信号,低MYC活性,糖酵解增强

这种拮抗作用在蛋白质和RNA水平均得到验证,并在多个独立队列中重现

(2)代谢重编程

原始型AML:ATP和糖磷酸盐水平升高,线粒体蛋白和线粒体DNA增多,OXPHOS增强

已分化型AML:糖酵解增强,糖磷酸盐和ATP降低

GMP样AML(C8):氨基酸和二肽积累,蛋白降解增强(半胰蛋白酶肽升高),eIF4F翻译起始复合物下调

(3)脂质组重塑

原始型AML:磷脂酰丝氨酸(PS)耗竭,磷脂酰胆碱(PC-1,含多不饱和脂肪酸)积累,翻转酶(flippase)减少→抗凋亡

已分化型AML:PS增加,翻转酶活性增强→促凋亡、焦亡标志物CASP1/CASP4升高

GMP样AML:己糖神经酰胺(HexCer)积累,鞘磷脂(SM)减少

(4)蛋白乙酰化异常

C4(CEBPA突变):线粒体蛋白显著高乙酰化,由乙酰辅酶A积累驱动的非酶促过程;脂肪酸β-氧化和TCA循环相关蛋白上调

C8(GMP样):全局低乙酰化,涉及HDAC和HAT的PTM调控异常;EP300 K1794位点去乙酰化影响其HAT活性

生物标志物与治疗靶点

(1)MAP1A:原始型AML的通用标志物

在原始型NPM1突变和MDS相关AML中均高表达

与venetoclax敏感性呈强负相关(R=-0.55,P=2×10⁻⁴),在4个独立队列中验证

可区分白血病干细胞与正常造血干细胞

(2)MTA1:panobinostat耐药机制

通过FunMap网络分析发现MTA1与HDAC1/2形成功能模块(C38团)

MTA1表达与panobinostat耐药性最强相关(R=0.48,P=1.8×10⁻⁷)

实验验证:CRISPR-Cas9敲除MTA1恢复MOLM-14和MONO-MAC-6细胞对panobinostat的敏感性;MTA1过表达诱导耐药

(3)其他治疗靶点

mTOR抑制剂:C1和C8亚型对rapamycin更敏感

ATP1B3:C1和C8的潜在膜蛋白靶点

BCL-2:原始型AML(C2、C7)中过表达,维奈克拉靶点;成熟型AML(C1、C6)耐药,伴随 FGR、HCK、LYN 等 Src 激酶高表达

FGR/Src家族激酶:与单核细胞分化相关,达沙替尼+维奈克拉联合治疗在已分化AML中效果更佳

总结

AML-8 分型整合了基因型与细胞分化状态,优于现有分类系统

MYC 与 mTOR 的拮抗作用是 AML 代谢重编程的核心驱动

乙酰化修饰异常在特定亚型中具有治疗潜力

FunMap 网络分析有效识别耐药机制与新型靶点

MAP1A 可作为原始型AML的通用蛋白标志物,提示维奈克拉敏感性

参考文献

Nat Cancer . 2026 Jun 12. doi: 10.1038/s43018-026-01175-6.

 

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